Setelah proses boarding selesai, pesawat mulai bergerak untuk penerbangan pulang menuju Jakarta dengan nomor penerbangan BTK6723.

Kedua pilot menggunakan headset untuk memantau komunikasi radio pengontrol lalu lintas udara dengan pengeras suara kokpit menyala dengan volume minimal.

Ketika pesawat berangkat dari Kendari menuju Jakarta, pilot bertindak sebagai PM dan kopilot sebagai pilot flying (PF).

Ketika pesawat mencapai ketinggian jelajah 10.973 meter, keduanya melepas headset dan volume pengeras suara kokpit ditingkatkan.

Pilot pun meminta izin istirahat kepada kopilot. Sebenarnya, pilot sempat terbangun untuk melakukan percakapan di luar tugas selama sekitar 30 detik, tetapi ia kembali melanjutkan istirahat.

Selama terbang, kopilot meminta untuk terbang dengan pos 275 derajat untuk menghindari kondisi cuaca buruk ke area control center (ACC) Makassar dan disetujui.

Ia lalu berkomunikasi dengan awak pesawat melalui interfon untuk menanyakan kondisi penumpang karena merasa pesawat mengalami turbulensi ringan.

Awak pesawat menanggapi kopilot dan menjelaskan bahwa kondisi penumpang baik-baik saja.

Kopilot kemudian melapor ke ACC Makassar bahwa pesawat tersebut terbang dengan arah 250 derajat.

ACC Makassar menerima laporan pilot dan menginstruksikan untuk kembali melaporkan ketika pesawat sudah aman dari kondisi cuaca buruk.

Selanjutnya, ACC Makassar menginstruksikan BTK6723 untuk menghubungi Air Traffic Controller (ATC) ACC Jakarta. Kopilot pun melakukan kontak awal dengan ACC Jakarta.

BTK6723 diinstruksikan untuk mengikuti KURUS 2G Standard Instrument Arrival (STAR) dan melaporkan ketika pesawat bersih dari kondisi cuaca buruk.

Saat itu, pesawat sedang terbang dengan arah 250 derajat dan berada di sekitar 125 Nm sebelah timur Waypoint KURUS.

Setelah membaca kembali instruksi ACC Jakarta, kopilot secara tidak sengaja tertidur.

Setelah 12 menit transmisi terakhir yang tercatat dari kopilot, ACC Jakarta menanyakan kepada BTK6723 berapa lama pesawat harus terbang pada pos saat itu atau pada 250 derajat.