Johor Darul Takzim
Bersama Johor Darul Ta'zim , ia memenangkan Liga Super Malaysia 2014 dan lolos ke Piala AFC . Tim mengumpulkan 44 poin dari 22 pertandingan dan mengalahkan Sarawak 1-0 di Stadion Negeri Sarawak, Kuching. Pada Januari 2015, dia membimbing JDT ke Charity Shield setelah JDT mengalahkan Pahang 2-0.
Penang
Hodak diangkat menjadi CEO Penang pada Mei 2016 dengan target menyelamatkan Penang dari degradasi. Penang berada di bawah Liga Super Malaysia dengan hanya 6 poin dari 11 pertandingan. Dia menandatangani Nenad Baćina sebagai pelatih kepala, mengganti tiga pemain dan tim mulai membaik.
Di paruh kedua musim, Penang menjadi salah satu tim terbaik dengan raihan 16 poin, hanya Johor Darul Ta'zim dan Kedah Darul Aman yang meraih poin lebih banyak dalam 11 pertandingan tersebut.
Tim tersebut berhasil bertahan Liga Super Malaysia pada tahun 2016. Setelah Hodak pergi pada akhir musim 2016, Penang terdegradasi pada musim berikutnya, setelah hanya mengumpulkan 12 poin dari 22 pertandingan.
Timnas Malaysia U19
Bersama Malaysia U-19 , Hodak meraih hasil terbaik dalam sejarah dengan menjuarai Kejuaraan AFF U-19 pada tahun 2018. Sebelumnya, pada tahun 2017 ia menjadi runner Up di kelompok usia yang sama dan berhasil lolos ke Kejuaraan AFC U-19 2017.
PSM Makassar
Di hari terakhir tahun 2019 (31 Desember 2019), PSM Makassar resmi mengumumkan Bojan Hodak sebagai pelatih baru mereka untuk musim 2020 mendatang.
Kota Kuala Lumpur
Bojan membantu City Boys mencapai final piala pertama mereka setelah 22 tahun (sejak Piala FA Malaysia 1999).
Selain itu, Kota Kuala Lumpur mengakhiri kekeringan Piala Malaysia selama 32 tahun (terakhir dimenangkan pada tahun 1989) dengan memenangkan final Piala Malaysia 2021 dengan mengalahkan tim favorit JDT 2-0 di Stadion Nasional Bukit Jalil.
Sebagai pemegang gelar Piala Malaysia, Kota Kuala Lumpur memenuhi syarat untuk bermain di kampanye Piala AFC 2022 melalui kompetisi piala setelah Piala FA Malaysia ditinggalkan karena pandemi COVID- 19. (*)