Dari segi ibadah, Ponpes itu menerapkan cara yang tidak biasa. Misalnya saf shalat Idul Fitri 1444 Hijriah yang bercampur antara laki-laki dan perempuan. Bahkan, ada satu orang perempuan sendiri berada di depan kerumunan laki-laki.

Karena kontroversi itu, pemerintah akan menerapkan sanksi administrasi hingga sanksi pidana.

Selain menerapkan cara beribadah yang berbeda, Pimpinan Ponpes Al Zaytun Panji Gumilang juga disebut-sebut terkait dengan gerakan Negara Islam Indonesia Komandemen Wilayah 9.

Namun, meski sudah beberapa kali dilaporkan, keberadaan kelompok NII KW 9 disebut-sebut tidak mudah dibuktikan karena selalu bergerak di bawah tanah