Mayor (Udara) Soejono mengaku ia lah yang menjemput Aidit. Ia membawa Aidit ke rumah dinas Menteri/Panglima Angatan Udara Laksdya Omar Dhani di Wisma Angkasa, Kebayoran Baru. Namun karena Omar tak ada di sana, Aidit dibawa ke rumah mertua Omar di Jalan Otto Iskandardinata III, Jakarta Timur.
Mereka gagal menemukan Omar dan mengajak Aidit ke rumah dinas seorang bintara AU di Kompleks Perumahan AU di Halim Perdanakusuma. Rumah itu dijadikan Central Komando (Cenko) II.
Saat penculikan dan pembunuhan terhadap sejumlah jenderal berlangsung, Aidit hanya diam di rumah itu.
Hingga pagi menjelang dan terendus bahwa operasi tak berjalan sesuai rencana dengan tewasnya sejumlah jenderal, Aidit pun dibawa ke Pangkalan Udara Halim sesuai perintah Omar Dhani untuk diterbangkan ke Yogyakarta.
Sebelum berangkat ke Yogyakarta, Aidit menyerahkan mandat kepemimpinan PKI kepada Wakil Ketua III Sudirman.
Di Yogyakarta, Aidit hendak menemui Ketua Committee Daerah Besar (CDB) PKI Yogyakarta dan menjelaskan kudeta yang hendak terjadi. Dari Yogyakarta, Aidit bertolak ke Semarang keesokan harinya. Ia berusaha mengkonsolidasikan agar PKI bisa dilepaskan dari insiden penembakan jenderal-jenderal yang dilaksanakan oleh tentara sendiri.
Dari Semarang, ia ke Boyolali dan Solo. Di sana, ia dikecam atas apa yang terjadi di Jakarta. Aidit terus bergerak untuk konsolidasi. Hingga pada 6 Oktober di Blitar, Aidit menulis surat ke Soekarno yang menyampaikan versinya soal G30S.
Ia mengaku dijemput seorang berpakaian Tjakrabirawa dari rumah untuk menghadiri rapat kabinet di Istana. Namun ia malah dibawa ke tempat lain. Aidit mengaku sempat bertanya apakah penangkapan para jenderal sudah diketahui Presiden Soekarno.
Kepada Aidit, mereka menjawab, Soekarno telah memberikan restunya untuk menindak para jenderal.
Aidit bertanggung jawab
Aidit menyadari Angkatan Darat di bawah Pangkostrad Mayjen Soeharto tengah memburu para tokoh PKI yang dianggap sebagai dalang pembunuhan para jenderal.
Aidit tak juga kembali ke Jakarta dan berusaha meredam aksi kekerasan militer terhadap simpatisan PKI di Jawa Timur.
Pada suratnya yang terakhir tertanggal 10 November, Aidit mengatakan kemungkinan akan mencari perlindungan ke China. Aidit terus bersembunyi di rumah teman-temannya.
Ia akhirnya tertangkap dan dibawa ke Boyolali pada 22 November. Saat diproses verbal, Aidit mengaku bertanggung jawab.
"Saya adalah satu-satunya orang yang memikul tanggung jawab paling besar dalam peristiwa G30S yang gagal dan yang didukung oleh anggota-anggota PKI yang lain, dan organisasi massa di bawah PKI," kata Aidit dalam surat pemeriksaan yang ditandatanganinya.